गणेश चतुर्थी: इस अवसर पर मंदिर को विशेष रूप से सजाया जाता है और बड़े स्तर पर पूजा-पाठ किया जाता है। यह खजराना गणेश मंदिर का सबसे बड़ा और महत्वपूर्ण उत्सव है। इसे भव्य तरीके से मनाया जाता है, जिसमें 10 दिनों तक विभिन्न धार्मिक अनुष्ठान और कार्यक्रम आयोजित किये जाते हैं। इस दौरान लाखों श्रद्धालु यहाँ दर्शन करने आते हैं.

तिल चतुर्थी: यह त्यौहार भी विशेष रूप से मनाया जाता है, जिसमें भक्त भगवान गणेश की पूजा करते हैं। इस दिन मंदिर में मेला और विशेष पूजा का आयोजन किया जाता है।

होली: खजराना गणेश मंदिर में होली महोत्सव भी धूमधाम से मनाया जाता है। इस अवसर पर समर्थकों के बीच रंगों का खेल और भव्य आरती का आयोजन होता है।

सप्ताहिक आरती: हर बुधवार को विशेष आरती होती है, जिसमें बड़ी संख्या में भक्त शामिल होते हैं।